J'aurais du répondre sur question qui est en message principal et donc plus facile à retrouver. Je vous redonne donc la réponse déjà effectuée :
Que votre salarié est justifié ou non son absence vous ne pouvez pas proratiser ses congés payés en fonction des heures travaillées, car le droit à congés payés ne se calcule pas mois par mois, mais sur une période de référence.

Un salarié a droit à un congé de 2,5 jours ouvrables par mois de travail, sans que la durée totale de ce congé puisse être supérieure à 30 jours ouvrables, soit 5 semaines de congés payés par an (art. L.3141-3 code du travail). Le droit à congé annuel se calcule sur la base de la période de référence qui commence le 1er juin de l'année civile précédente et se termine le 31 mai de l'année civile en cours. Pour calculer les droits à congés 2016, il faut donc se référer à la période de référence qui va du 1er juin 2015 au 31 mai 2016.

Si les règles sont relativement simples pour un salarié qui a travaillé pendant une année complète, il faut cependant utiliser le calcul par équivalence pour un salarié qui n'a pas été présent pendant toute la période de référence (par exemple pour cause de maladie ou d’absence comme dans votre cas). En effet, aux termes de la règle des équivalences fixée par l'article L.3141-4 du code du travail, un mois de travail effectif est équivalent à 4 semaines ou 24 jours de travail. Ce qui fait qu'un salarié a droit à la totalité de ses congés payés dès lors qu'il a travaillé au moins 12 fois 4 semaines ou bien 12 périodes de 24 jours. En réalité, l'année civile comporte 52 semaines, c'est-à-dire 13 x 4 semaines ou bien 13 x 24 jours ouvrables. Ainsi, un salarié malade ou absent sur la période de référence, soit moins de 24 jours, ne verra pas son droit à congés payés entamé et aura droit à ses 30 jours de congés payés.