Un avenant au contrat ne peut être inférieur à un accord
J'ai du mal à comprendre le sens de votre question, mais de ce que je peux deviner à la lecture de vos informations, un avenant au contrat de travail ne peut annuler ou être inférieur à des dispositions prévues par un accord et plus précisément dans ce cas à l'article 13.4 de l'avenant du 5 février 2007.
En résumé, les dispositions prévues par cet article sont sensiblement les mêmes que celles instaurées précédemment par l'accord du 13 juillet 2004, seule innovation mais qui n'est pas sans conséquences financières, cet article 13.4 prévoit que les premières heures complémentaires effectuées jusqu'à 10% de la durée de base du contrat à temps partiel doivent être majorées de 5% et au delà elles ont majorées à 25%.
Donc un avenant au contrat de travail ne peut pas faire échec à ces dispositions, et l'employeur est tenu de majorer les heures complémentaires dés la première heure conformément à cet article 13.4 de l'avenant du 5 février 2007.

Avenant de contrat
Pour l'avenant de contrat il modifie la durée du travail le temps défectue les heures complaimentaires, puis retour au contrat initiale, par exemple normalement 20 heures par semaines, un avenant pour 4 semaines à 32, puis retour à 20 heures, utilisé dans le cadre de remplacement de salarier en conge.

Il faut l'accord du salarié
Si un contrat à temps partiel peut effectivement prévoir la réalisation d'heures complémentaires, il faut savoir que celles ci sont limitées à 1/3 de la durée initiale prévue au contrat. Donc avec un contrat de 20 heures, l'employeur peut demander à son salarié de faire 6 heures complémentaires sans avoir à demander son accord. Par contre, pour lui demander de faire 32 heures, il faut faie un avenant au contrat de travail, donc obtenir l'accord du salarié et ensuite à nouveau obtenir son accord pour le remettre à 20 heures.