Il faut tout d'abord savoir ce que vous entendez par prime de transport. En effet, il existe une prise en charge obligatoire des frais de transport publics, mais aussi une prise en charge facultative des frais de transport personnel.
C?est la loi de financement de la sécurité sociale pour 2009, qui a prévue qu?à compter du 1er janvier 2009, tous les employeurs doivent prendre obligatoirement en charge une partie du prix des titres d'abonnement aux transports publics de personnes ou de services publics de location de vélo souscrits par leurs salariés pour leurs déplacements entre leur résidence habituelle et leur lieu de travail. En fait, cette loi a étendu à tous les employeurs quelque soit leur localisation, le dispositif qui existait déjà en Ile-de-France.
Cette prise en charge obligatoire est fixée à 50% du coût d'abonnement sur la base des tarifs de 2ème classe. L'employeur n'est tenu de prendre en charge que le déplacement le plus court dans le temps entre la résidence habituelle et le lieu de travail. Cette participation de l'employeur est exonérée de charges sociales. Pour bénéficier de cette exonération sociale, le salarié doit remettre une copie de l'abonnement souscrit aux transports communs ou aux services publics de location de vélo à son employeur.
Nous vous rappelons que l'employeur qui ne prend pas en charge les frais de transport publics de ces salariés encourt une amende prévue pour les contraventions de 4e classe, soit 750 ? pour les personnes physiques et 3 750 ? pour les personnes morales.

Cette même loi a aussi prévue, en l'absence de transport public, ou en raison des conditions de travail de leurs salariés, que les employeurs ont aussi la faculté de participer aux frais de carburants engagés par leurs salariés pour leurs déplacements entre leur résidence habituelle et leur lieu de travail. Cette prise en charge des frais de carburants de leurs salariés est exonérée de cotisations sociales mais dans la limite de 200 ? par an et par salarié. Pour bénéficier de cette exonération de charges sociales, l'employeur doit présenter la photocopie de la carte grise du véhicule du salarié.
Mais dans ce deuxième cas il ne s'agit nullement d'une obligation mais d'une faculté.
Attention ! Si un employeur décide de mettre en place cette prise en charge des frais de transports personnels, il doit en faire bénéficier tous les salariés de l'entreprise.