J'ai du mal à comprendre votre question. Les avantages en nature sont pris en compte dans la
rémunération annuelle brute pour calculer cette réduction Fillon, en revanche ce sont les heures supplémentaires ou complémentaires avec leur majoration qui ne sont pas prises en compte.
je vous reproduit la formule de calcul applicable je vous le précise jusqu'au 31 décembre 2011. Au 1er janvier 2012 cette formule a été modifiée et prend en compte les heures supplémentaires et leur majoration ainsi que la durée du travail applicable à l'entreprise.

? Pour les entreprises de 1 à 19 salariés :

0,2810 ÷ 0,6 x (1,6 x smic calculé pour un an ÷ rémunération annuelle brute hors heures supplémentaires ou heures complémentaires) -1

Le coefficient maximal est égal à 0,2810
Pour plus d'explication consulter le chapitre cotisations sociales dans ce blog.