Vous avez droit au report de vos congés payés. Vous pourrez donc demander le report de vos congés payés non pris du fait de cet arrêt de travail.
La réponse donnée par carole Gayet n'est plus valable.
En effet, la jurisprudence a évolué sur le sujet. J'avais d'ailleurs déjà fait un courrier des lecteurs sur le sujet :
La réponse à votre question a évolué récemment. En effet, jusqu'à un arrêt de la Cour de justice des communautés européennes (CJCE) en date du 20 janvier 2009, un salarié malade (hors accident du travail ou maladie professionnelle) pendant toute la période légale de prise des congés payés, perdait ses congés payés. L'employeur n'était pas tenu de lui accorder un report des congés sur l'année suivante.

Mais dans un arrêt du 20 janvier 2009 (CJCE 20 janvier 2009 aff.350/06 et 520/06), la CJCE a considéré que le droit à congés payés ne pouvait s'éteindre à la fin de la période de référence lorsque le salarié avait été malade pendant toute cette période et s'était donc trouvé dans l'impossibilité de prendre ses congés. Peu de temps après, la Cour de cassation a adopté la même position que la CJCE dans un arrêt rendu le 24 février 2009 en considérant (n° 07-44.488) : "Lorsque le salarié s'est trouvé dans l'impossibilité de prendre ses congés payés annuels au cours de l'année prévue par le code du travail ou une convention collective en raison d'absences liées ? une maladie, un accident du travail ou une maladie professionnelle, les congés payés acquis doivent être reportés après la date de reprise du travail."

Cependant, les modalités de ce report n'ont pas été précisées dans cet arrêt. En outre, à la lecture de la jurisprudence actuelle, sauf si le contrat a pris fin, le salarié qui bénéficie d'un report n'est pas fondé à demander le paiement d'une indemnité de congés payés (CA Bourges 24.10.2008 n°07-1472).

En réponse à votre question, vous devez donc reporter les congés payés non pris par ce salarié pendant la période de référence du fait de son absence pour maladie, mais vous n'êtes pas obligé de les lui payer.

Petite précision : Depuis le 1er décembre 2009, c'est-à-dire l'entrée en vigueur du traité de Lisbonne, la CJCE (cour de justice de la communauté européenne) est devenue la Cour de justice de l'Union européenne (CJUE). Mais à la date de cet arrêt, il s'agit toujours de la CJCE.