Non ! Si le salarié ne travaille pas il ne bénéficie pas de congés payés, sauf certaines périodes qui sont assimilées à des périodes de travail effectif comme par exemple le congé maternité.
Je pense que c'est une fonction automatique du logiciel de paie de votre comptable. Pour calculer les droits à congés payés en cas de mois incomplet on calcule par période de 4 semaines ou de 24 jours. Calcul qui se fait sur une période de référence qui va du 1er juin de l'année précédente au 31 mai de l'année en cours. L'absence du salarié pendant cette période réduit d'autant et proportionnellement ses droits à congés payés.