Votre salarié a acquis des CP du 1er juin 2020 à fin mars 2021 (je ne sais pas à partir de quelle date il est arrêté en avril). Je vous rappelle que l'arrêt maladie ne donne pas droit à des congés payés.
Vous n'avez pas à payer les CP de votre salarié. Il pourra les prendre à son retour où ils lui seront payer s'il est mis fin à son contrat de travail.