Vous n'avez pas la totalité de vos congés payés en raison de votre absence maladie, car celle-ci ne donne pas droit à des congés payés. Cependant, une absence de courte durée ne devrait pas impacter votre droit à congés payés. Il faudra combien de temps dure votre absence.
Tout salarié justifiant d'une ancienneté d'un an dans l'entreprise et qui est en arrêt maladie pendant un certain temps bénéficie en plus des indemnités compensatrices de Sécurité sociale d'un complément de salaire versé par l'employeur. Je vous rappelle que les indemnités journalières ne sont dues qu'à partir du 4ème jour de l'incapacité de travail, c'est-à-dire après un délai de carence de 3 jours. Quant au délai de carence à respecter par l'employeur avant d'avoir à verser le complément de salaire à son salarié absent pour maladie, il n'est plus que de 7 jours.

Pour connaître le montant de la garantie de rémunération due par l'employeur, il faut se référer à l'article 29 de la convention collective des CHR du 30 avril 1997. Il y est précisé que cette garantie de rémunération varie selon l'ancienneté du salarié et sa durée d'absence. Pendant la première période de 30 jours, le salarié perçoit 90 % de sa rémunération brute, puis les 30 jours suivants, il perçoit les 2/3 (66,66 %) de cette rémunération. L'article ajoute que ces deux temps d'indemnisation sont augmentés chacun de 10 jours par période entière de 5 ans d'ancienneté en sus, sans que chacun d'eux puisse dépasser 90 jours.
Dans la mesure où votre employeur vous verse un complément de salaire par rapport à vos indemnités journalières, souvent l'employeur attend d'avoir le montant de ces indemnités pour verser le complément de salaire.