Depuis le mois d'avril les heures supplémentaires conventionnelles ou contractuelles sont prises en charge par l'activité partielle.
Dans un premier temps j'avais écrit que le système ne pouvait pas prendre en charge les 39 heures et qu'il fallait déclarer 35 heures mais en recalculant le taux horaire. Puis en septembre, une organisation professionnelle du secteur, le GNI m'informait que le système pouvait pendre en charge les 39 heures. C'est la raison pour laquelle j'ai effectué des bulletins de paie sur la base de 39 heures en début d'année. D'autant que certains professionnels se voyaient reprocher de déclarer 35 heures pour 39 heures en retraitant le taux horaire.
En résumé, les deux systèmes cohabitent et la réponse dépend de votre système ASP. Je vais d'ailleurs compléter ma fiche pratique sur le calcul pour expliquer les deux systèmes, car j'avais supprimer celle concernant la déclaration à 35 heures avec le taux horaire retraité pour 39 heures.
En attendant je vous mets les explications que j'avais fait (il faut que je réactualise le taux horaire du Smic)

Le système peut-il prendre en charge les 39 heures ?
En effet, dans l’annexe relative aux modalités de prise en charge des heures d’équivalence, il est précisé : Point d’attention : le système d’information de l’ASP est paramétré de telle sorte qu’il n’est pas possible de déclarer une durée hebdomadaire supérieure à 35 heures. Donc, même si l’ordonnance prévoit une prise en charge à hauteur de 39 heures, il n’est pas possible de déclarer au-delà de 35 heures.
C’est pour cette raison qu’il est ensuite précisé que si la durée à indemniser est supérieure à 35 heures, l’entreprise devra procéder à une règle de 3 pour ramener la durée déclarée dans le SI à 35 heures. En d’autres termes, l’indemnisation sera calculée sur 35 heures, mais avec un taux horaire brut majoré, de manière à ce que l’entreprise soit indemnisée de la même manière que si la durée prise en compte avait été fixée à 39 heures, avec un taux horaire non-majoré.
Lors de sa demande d’indemnité, l’entreprise doit déclarer à l’ASP 35 heures, à un taux horaire retraité, calculé de la manière suivante : taux horaire brut retraité = 0,70 X taux horaire réel x nombres d’heures à indemniser : 35
A savoir : (0,7 x 11,20) x 39 : 35 = 8,74 €.
Dans la mesure où 0,7 x 11,20 = 7,84 €, soit inférieur au taux plancher de 8,03 €, c’est donc ce taux qu’il faut prendre comme pour le calcul de l’indemnité.
Ce qui donne : 8,03 € x 39 : 35 = 8,95 €
L’entreprise devra déclarer 8,95 € x 151,67 heures = 1357,45 € au titre de l’activité partielle pour ce salarié et sera indemnisée sur cette base par l’état.
Le calcul avec la règle de 3, revient en fait au calcul que nous vous avions proposé pour calculer l’indemnité d’activité partielle du mois de mars que nous avions fait sur la base des articles du code du travail. En vous rappelant que les heures déclarées au titre de l’activité partielle, ne peuvent être supérieur à 35 heures, car le système de l’ASP ne peut les prendre en charge.

En conséquence, en réponse à André et Ch, vous déclarez 35 heures mais avec un taux horaire retraité pour prendre en compte les 39 heures.