Les congés payés sont rémunérés de manière « autonome ». L'indemnité de congés payés est en effet réglée lors de la prise des congés. Pratiquement, les règles habituelles s'appliquent. Dans un premier temps, le salaire sera maintenu lors du départ en congé puis, dans un second temps, à la fin de la période des congés payés, l'indemnité fera l'objet d'une régularisation, le cas échéant, sur la base du dixième des rémunérations versées au cours de la période « de référence », c'est-à-dire de la période d'acquisition des droits à congés payés.
S'agissant du maintien du salaire, l'application stricte de l'article L. 3141-22 du Code du travail conduit à calculer l'indemnité de congés payés en fonction de l'horaire qui serait réellement accompli si le salarié travaillait pendant ses congés.
C'est dans ce sens qu'a statué la Cour de cassation (Cass. soc., 2 juin 1988, no 85-41.200 ter, arrêt no 2058). Dans cette affaire, les salariés travaillaient selon un horaire alterné (33 heures et 44 heures d'une semaine sur l'autre), leur rémunération étant lissée sur la base d'un horaire moyen de 38,50 heures. Pour un salarié prenant une semaine en décembre, l'employeur avait calculé l'indemnité de congés payés sur la base de 38,50 heures alors que l'horaire accompli la semaine considérée aurait été de 44 heures.
Se fondant sur l'article L. 223-11 du Code du travail (recod. C. trav., art. L. 3141-22), la Cour de cassation a considéré que l'indemnité devait être calculée sur la base de 44 heures.
Observations :
Si cette décision est parfaitement conforme à la lettre de l'article L. 3141-22 précité, elle illustre bien l'inadaptation de la législation sur les congés payés au particularisme du lissage, dont la logique veut précisément que la rémunération soit déconnectée de la durée effective du travail. Il n'était pas douteux, en l'espèce, que si le salarié avait travaillé effectivement cette semaine de congé, il aurait été rémunéré sur la base de 38,5 heures et non de 44 heures. De même que, s'il avait pris ses congés, lors d'une semaine de 33 heures, l'entreprise l'aurait vraisemblablement rémunéré sur la base de 38,5 heures et non pas de 33 heures. (Source : Lamy temps de travail)
Par conséquent, je continuerais à appliquer le décompte pratiqué par ce logiciel, puis en fin d'année de congé payé, je vérifierais que le salarié a bien eut droit à l'intégralité de ces congés payés et ferais éventuellement un correctif si nécessaire.