Votre salarié en CDD bénéficie comme tout salarié à un congé annuel dans les conditions de droit commun. Il bénéficie d'une indemnité compensatrice de congés payés au titre du travail effectué dés lors que le régime des congés applicable dans l'entreprise ne lui permet pas de les prendre effectivement. Vous ne pouvez donc pas payer cette indemnité compensatrice de congés payés chaque mois mais à la fin du contrat.
Il est effectivement possible de prévoir dans le CDD une clause de suspension du contrat pendant la durée de la fermeture de l'entreprise pour cause de congés payés. (Circulaire DRT n°90-18 du 30 octobre 1990). Ce qui veut dire qu'avec une telle clause vous n'avez pas à payer son salaire. Il aurait été plus judicieux de le mettre en congés payés pendant cette période-. Ce qui lui donne des revenus pendant cette période et vous évite par la suite de lui verser une indemnité compensatrice ou seulement une partie à concurrence des jours de congés pris.