Le calcul des congés payés se fait normalement en jours ouvrables, mais peut se faire en jours ouvrés. 30 jours ouvrables = 25 jours ouvrés.
Quant au décompte il peut aussi se faire en jours ouvrés. Donc il semble dans votre cas, que le décompte soit effectué uniquement en jours ouvrés. Il convient de vérifier que le calcul en jours ouvrés garantisse aux salariés des droits au moins égaux à ceux résultant du calcul en jours ouvrables.