Il est possible de tenir compte des absences (maladie ou autres) du salarié en forfait-jours pour réduire ses droits à des jours de repos, à condition de le faire de façon strictement proportionnelle.

Les salariés pour lesquels la durée du travail est décomptée en jours, la détermination du nombre d’heures prises en compte pour déterminer le montant de l’indemnité due au titre de l’activité partielle est effectué en convertissant en heures un nombre de jours ou demi-journées (Ord. n° 2020-346 du 27 mars 2020). Pour ce faire, l’employeur doit prendre en compte la durée légale correspondant aux jours de fermeture de l’établissement ou aux jours de réduction de l’horaire pratiqué dans l’établissement, à due proportion de cette réduction (C. trav., art. R. 5122-19 modifié).
Autrement dit, une journée compte 7 heures pour un salarié en forfait annuel en jours, et une demi-journée pour 3 heures 30. Si l’établissement ferme pour une durée de 2,5 jours, l’indemnité d’activité partielle versée au salarié en forfait-jours correspondra à 17 heures 30).

Quant à votre deuxième question : l’indemnisation de l’activité partielle se fait sur la base de 35 heures. Effectivement, le ministère du travail a indiqué aux organisations professionnelles et syndicales du secteur que cette pris en charge se ferait sur le base de 39 heures. Mais pour cela il faut encore attendre la publication d’une circulaire. Ce dispositif ne devrait être applicable qu’à partir du mois d’avril.
Quant au montant de l’indemnité d’activité partielle, il ne peut être inférieur à 8,03 € brut.