Vous ne pouvez pas vous faire justice à vous même et déduire le montant du délai de prévenance non effectué sur ses congés payés. Pour obtenir une indemnité compensatrice du fait du non respect de ce délai de prévenance vous devez la demander devant le conseil des prud'hommes.
En pratique, au vue des sommes en cause l'employeur ne fait pas un tel recours.