Dans la mesure où le montant de la gratification est supérieur à la franchise, seule la fraction excédentaire est soumise aux cotisations et contributions patronales et salariales de Sécurité sociale, y compris la cotisation AT/PM (accident du travail, maladie professionnelle). De même, sont dues : la contribution solidarité autonomie (CSA), la CSG et la CRDS, la cotisation Fnal et le versement transport.

L'Agence centrale des organismes de Sécurité sociale (Acoss) précise que le stagiaire n'étant pas titulaire d'un contrat de travail, la part de gratification qui dépasse le seuil de franchise ne peut pas bénéficier du taux réduit de cotisations d'allocations familiales. C'est donc le taux plein de 5,25 % qu'il faut appliquer sur le différentiel.

Le stagiaire n'ayant pas la qualité de salarié, aucune cotisation n'est due au titre de l'assurance chômage, de l'assurance vieillesse, de la contribution organisation syndicale, de l'AGS et de l'AGF. Il ne doit pas non plus cotiser au régime de prévoyance ni à la mutuelle frais de santé de la branche. Puisqu'il n'y a pas de cotisation à l'assurance vieillesse, le stage n'ouvre pas de droit à la retraite. Le stagiaire a néanmoins désormais la possibilité de demander la prise en compte de ses périodes de stage dans la limite de deux trimestres de retraite, à condition de verser des cotisations. Il dispose d'un délai de deux ans à compter de la fin de son stage pour faire sa demande de versement à la caisse d'assurance vieillesse dont il dépend.