Il n'est pas facile d'apporter une réponse à cette question, dans la mesure où il s'agit d'un régime très particulier qui n'a pas encore donné lieu à jurisprudence.
Selon certains juristes des organisations professionnelles du secteur, les 6 jours fériés garantis sont dus au salarié à partir du moment où ce dernier remplit la condition d'ancienneté et ce même si ce dernier a été absent pendant un certains temps.
Personnellement, je pense que ces jours fériés garantis doivent être calculé prorata temporis en cas d'absence pour maladie. En effet, en reprenant les modalités d'octroi des jours fériés garantis, il est rappelé que ceux-ci doivent être compensé en temps ou en argent en cas de repos, du salarié, de fermeture de l'établissement par l'employeur ou de travail du salarié ce jour là. Il n'est nullement mentionné qu'un salarié malade pendant un jour férié doit récupérer ce jour.
Maintenant, je n'ai pas de référence de jurisprudence sur le sujet. C'est à vous de voir la solution que vous souhaitez appliquer.