Oui ! Vous devez faire apparaitre le temps de pause sur vos planning de travail si vous ne voulez pas que celui-ci sont compris comme du temps de travail.
Je vous conseille de consulter le Modèle de décompte journalier de la durée du travail avec récapitulatif hebdomadaire proposé en annexe 3 de l'avenant n°2 du 5 février 2007.