A partir du moment où l'employeur met le repas à disposition du salarié, il est en droit de le déduire sur son bulletin de paie, même si le salarié ne le mange pas.
Au terme de l'article D.3231-13 du code du travail, les employeurs des CHR ont l'obligation de nourrir gratuitement leur personnel ou de leur verser une indemnité compensatrice. C'est l'employeur qui choisit de nourrir ses salariés ou de leur verser une indemnité, s'il ne peut pas ou ne veut pas fournir les repas. Dans les deux cas, ces avantages en nature, qui sont évalués à 3,62 € par repas (depuis le 1er janvier 2019), doivent figurer dans le salaire brut afin d'être soumis à cotisations sociales.

Si le salarié consomme réellement ses repas, ils seront déduits du salaire net. En revanche, si l'employeur met des repas à la disposition d'un salarié et que ce dernier choisit de ne pas les manger quelle qu'en soit la raison, l'employeur a le droit de procéder à la déduction de ces repas, comme si le salarié les avait réellement consommés. Ceci n'apparaît pas dans la convention collective, mais la jurisprudence en a décidé ainsi. En effet, dans un arrêt du 16 février 1994, la Cour de cassation a permis à l'employeur de décompter les repas qu'il avait mis à la disposition du salarié, même quand celui-ci n'a pas voulu les consommer. Dans cet arrêt, un salarié musulman qui n'avait pas mangé dans l'établissement pendant le Ramadan réclamait le paiement d'une indemnité compensatrice de nourriture pour ses repas non pris. Les juges ont considéré que l'employeur n'avait pas à rembourser ces repas, dans la mesure où ils avaient été mis à la disposition du salarié. Précisant que « le salarié qui, pour des raisons personnelles, ne prend pas le repas fourni gratuitement par l'employeur, ne peut prétendre à une compensation. »