J'ai répondu un peu rapidement à votre question sans vraiment apporter de réponse concrète.
Je vous précise dans un premier temps que la possibilité de renouveler le CDD deux fois a été instaurée par la loi du 17 août 2015 qui a modifié l’article L.1243-13 du code du travail qui prévoyait avant cette loi qu’un seul renouvellement. Ce qui peut expliquer la réponse de votre comptable.
En effet, avec la possibilité de renouveler deux fois le contrat vous pouvez conclure un troisième contrat.
Cependant, je dois vous mettre en garde sur la durée maximum des CDD à terme précis qui ne peuvent dépasser 18 mois, renouvellement compris. Cette durée va donc vous limiter et ne pas vous permettre de conserver la remplaçante jusqu'au retour de votre salarié en congé parental. Une solution utiliser pour le troisième contrat un CDD à terme imprécis avec pour terme le retour de la salariée absente et non une date précise de retour.