Effectivement, le ministère du travail dans sa fiche pratique ne prend pas en compte les heures supplémentaires et leur majoration dans le calcul du taux horaire, alors que le code du travail dit qu'il faut prendre en compte le salaire brut donc les heures supplémentaires. Je préconise le calcul du code du travail, en précisant que cette fiche pratique du ministère du travail n'a pas de valeur légale (elle n'est pas opposable). Cela serait différent, s'il s'agissait d'une circulaire.
Un conseil : si vous appliquez la méthode de la fiche pratique du ministère du travail, téléchargez là car celle-ci disparaîtra du site du ministère (contrairement aux circulaires) et en cas de contrôle ultérieur, vous pourrez toujours montrer votre bonne foi.