Le fait de remplacer une relation salariale par un contrat d'entreprise pour échapper à ses obligations d'employeur caractérise une fraude constitutive du délit de travail dissimulé par dissimulation d'emploi salarié, dans les conditions précisées à l'article L. 8221-5 du code du travail.
Le ministère du travail dans une réponse ministérielle publiée au journal officiel de l'assemblée nationale du 6 août 2013 vient rappeler les critères qui permettent de distinguer un auto-entrepreneur d'un salarié :

Par définition, un auto-entrepreneur est un travailleur indépendant, ce qui signifie qu'il exerce une activité indépendante qu'il a pris librement l'initiative de créer ou de reprendre et qu'il conserve, pour son exercice, la maîtrise de l'organisation des tâches à effectuer et du matériel nécessaire, ainsi que la recherche de la clientèle et des fournisseurs.
Cependant, il arrive que ces critères d'indépendance ne soient plus respectés, dans le cas de personnes, salariées à qui l'on demande de se déclarer comme auto-entrepreneur alors qu'elles travaillent en pratique sous l'autorité de leur recruteur.
Or, l'existence d'un contrat de travail ne dépend ni de la volonté des parties, ni de la qualification donnée à la prestation effectuée mais des conditions de fait dans lesquelles est exercée l'activité du travailleur
Est ainsi considéré comme travailleur salarié celui qui accomplit un travail pour un employeur dans un lien de subordination juridique permanente, défini comme "l'exécution d'un travail sous l'autorité d'un employeur qui a le pouvoir de donner des ordres et des directives, d'en contrôler l'exécution et de sanctionner les manquements de son subordonné".
Les juridictions, qu'elles soient civiles ou pénales, ainsi que les services de contrôle ( Urssaf, inspection du travail et administration fiscale) sont libres de décider qu'une situation juridiquement présentée comme du travail indépendant révèle en réalité dans les faits du travail salarié déguisé et requalifier ainsi le recours à auto-entrepreneur en contrat de travail.
Parmi les indices d'une relation salariée, peuvent être cités, sans que cela soit exhaustif :
- l'initiative même de la déclaration en travailleur indépendant (démarche non spontanée, a priori incompatible avec le travail indépendant) ;
- l'existence d'une relation salariale antérieure avec le même employeur, pour des fonctions identiques ou proches ;
- un donneur d'ordre unique ;
- le respect d'horaires ;
- le respect de consignes autres que celles strictement nécessaires aux exigences de sécurité sur le lieu d'exercice, pour les personnes intervenantes, ou bien pour le client, ou encore pour la bonne livraison d'un produit ;
- une facturation au nombre d'heures ou en jours ;
- une absence ou une limitation forte d'initiatives dans le déroulement du travail ;
- l'intégration à une équipe de travail salariée ;
- la fourniture de matériels ou équipements (sauf équipements importants ou de sécurité).