Votre salarié est bien en mesure de prendre sa pause pendant sa période de travail. En principe, le temps de pause ou de repas n'est pas considéré comme du temps de travail effectif et doit par conséquent être décompté du temps de travail du salarié dans l'entreprise. En effet, l'article L.3121-1 du code du travail rappelle que la durée du travail effectif est le temps pendant lequel le salarié est à la disposition de son employeur et doit se conformer à ses directives sans pouvoir vaquer librement à ses occupations.

Mais pour que le temps de pause puisse être qualifié de tel, il doit faire l'objet d'une neutralisation totale, c'est-à-dire que le salarié ne doit plus se trouver en situation de répondre à une demande éventuelle de l'employeur. Il doit pouvoir vaquer à des occupations personnelles, y compris s'il doit rester à l'intérieur de l'entreprise. En effet, pour la Cour de cassation, ni la brièveté du temps de pause ni la circonstance que le salarié ne puisse quitter l'établissement à cette occasion, ne permettent de considérer que ces temps de pause constituent un travail effectif (Cass. Soc. 5 avril 2006, n° 05-43061). Si l'obligation de demeurer sur place est imposée au salarié, elle ne doit pas être motivée par la possibilité de reprendre le travail, mais par des raisons relatives à la sécurité ou l'hygiène par exemple.

Cependant, l'article L.3121-2 du même code précise que le temps nécessaire à la restauration et le temps consacré aux pauses sont considérés comme du temps de travail effectif, lorsque les critères du temps de travail effectif définis à l'article L.3121-1 sont réunis. Il s'agit d'apprécier les trois critères de la disponibilité, de la soumission à l'autorité de l'employeur et de la possibilité de vaquer à des occupations personnelles.

À l'inverse, le veilleur de nuit d'une résidence qui prend ses repas sur place mais qui n'est pas tenu pendant ce temps de répondre aux clients, bénéficie bien d'une pause et n'est pas en situation de travail effectif (Cass.soc. 26 février 2002, n° 00-40722) Le seul fait pour un salarié d'être astreint au port d'une tenue de travail (en raison des règles d'hygiène) ne l'empêche pas de vaquer à des occupations personnelles. Par conséquent sa pause en tenue de travail reste une pause non rémunérée (Cass. Soc. 30 mai 2007, n° 05-44396).

Par conséquent, vous devez préciser à votre salarié que dans son temps de travail, il est prévu une pause de 20 minutes pendant laquelle il est libre de vaquer à ses occupations personnelles. Soit il fixe lui-même son temps de pause, soit vous le fixez pour lui. Une pause de 20 minutes vers 2 ou 3 heures du matin doit pouvoir être possible. Il suffit que cette pause soit prise au moins après 6 heures de travail.
Vaquer à ses occupations personnelles ne veut pas dire quitter l'établissement : tant qu'il n'est pas en situation de travail, il profite bien de cette pause. Pause qui doit être décomptée de son temps de travail, mais que vous lui payez, si j’ai bien compris votre situation. En revanche, je ne comprends pas pour quoi vous parler d’heures supplémentaires à payer puisque vous payer déjà cette pause.